Købnerkirkens arkitekt var Charles K. Gjerrild (1899 - 1979) der også har tegnet Baptisternes skoler i Tølløse.
Efter opførslen var bygningen genstand for stor beundring i tiden efter indvielsen i 1939.
Blandt andet skrev Kristeligt Dagblad: "Interessant princip for indretningen af krypten. En gennemgang af kirken viser, at her er taget helt nye principper i brug - udefra er kirken smuk med rene linier".
Berlingske Tidende skrev i overskriften: "En kirke der ser langt."
Social Demokraten skrev: "Baptisternes nye kirke på Amager er uden al tvivl Danmarks mest moderne"